สถานีตำรวจภูธรเมืองปัตตานี มีอำนาจหน้าที่ในการอำนวยความยุติธรรม รักษาความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สินของประชาชน ในพื้นที่อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี พื้นที่ที่มีความหลากหลายทางศาสนา ภาษา และวัฒนธรรม

โดยเมื่อปีพุทธศักราช 2482 มีหัวหน้าสถานีตำรวจนายแรก คือ ร้อยตำรวจเอก บัญญัติ ณ นคร และในปีพุทธศักราช 2537 ขณะที่ พันตำรวจโท ก่อเกียรติ วงศ์วรชาติ ดำรงตำแหน่งสารวัตรใหญ่ฯ ทางกรมตำรวจได้มีการปรับโครงสร้างและยกฐานะให้มีผู้กำกับการสถานีตำรวจ เป็นหัวหน้าสถานี

อาคารที่ทำการสถานีตำรวจหลังแรก สร้างด้วยไม้ยกพื้นสูง อาคารชั้นบนใช้เป็นที่ทำการ ส่วนใต้อาคารเป็นลานโล่ง เมื่อเวลาผ่านไป ตัวอาคารมีความชำรุดทรุดโทรม ทางรัฐบาลจึงได้อนุมัติจัดสรรงบประมาณ ให้สร้างอาคารที่ทำการหลังใหม่ เป็นอาคารคอนกรีตสูง 3 ชั้น มีห้องแยกตามแผนกงานต่างๆ และได้ใช้เป็นที่ทำการจวบจนปัจจุบัน

สถานีตำรวจภูธรเมืองปัตตานี มีพื้นที่รับผิดชอบประมาณ 96 ตารางกิโลเมตร แบ่งการปกครองออกเป็น 13 ตำบล 66 หมู่บ้าน และ18 ชุมชน มีประชากรทั้งหมดประมาณ 130,000 คน โดยประชากรกว่า 80 เปอร์เซ็นในพื้นที่ นับถือศาสนาอิสลาม